De conformidad con la normativa vigente, la investigación constituye uno de los tres procesos sustantivos de la Educación Superior. Para el Instituto Tecnológico Superior Jatun Yachay Wasi, la investigación constituye un eje estratégico del aprendizaje y, por ende, del desarrollo institucional.

La investigación en el Instituto está encaminada al redescubrimiento de los saberes ancestrales en cinco áreas: agropecuaria, construcciones, medicina, promoción y defensoría social y educación, esta última aún no integrada al proceso académico de la institución. Con el propósito de llevar adelante la investigación, el Instituto mediante Resolución No. JYW-R-002-2016, crea la Unidad de Investigación y Desarrollo Tecnológico y encarga la Coordinación de la misma al Mgs. Puma Qero Pomaquero Minta

Con la conformación de la Unidad se crea el Sistema de Investigación y Desarrollo Tecnológico (SIDTec), la cual se encuentra integrado por: políticas, objetivos, procesos, requisitos y formatos para la gestión de la investigación y el desarrollo tecnológico, en función de los diferentes escenarios, articulando a la vez de manera sistémica líneas, programas y proyectos de investigación para docentes y estudiantes.

Como política establecida en el Sistema, el Instituto plantea que la investigación debe estar enmarcada en los Saberes Ancestrales de los pueblos originarios de los Andes (ciencia y técnica desarrolladas), para ser adaptadas y aplicadas a nuestros tiempos, manteniendo coherencia y consecuencia con misión y visión institucional (Jatun Yachay Wasi, 2017).